De Europese wetgeving staat enkele uitzonderingsgevallen toe. Namelijk een tijdelijk of een (permanent) fysiek gebrek van de vingerafdrukken. Dat wil zeggen een defect aan handen of vingers die het onmogelijk maakt om vingerafdrukken af te nemen. Bij het verwerken van de aanvraag in het Aanvraagstation (AS) kan in die situatie gekozen worden voor de optie “permanent gebrek”. Bij deze aanvraag wordt het MVA niet gebruikt. Bij de aanvraag van een paspoort gaat dit op dezelfde manier.